中山医学院肿瘤研究所成立于1964年3月，首任所长是病理学家梁伯强教授（中科院学部委员），研究所人员分散于中山医学院基础部有关教研室。1977年所长由基础部宗永生教授兼任，副所长为陈华燮主任，将分散在中山医学院各教研室的研究人员集中在肿瘤医院门诊部楼内工作。1993年实行相关研究室合并和 “双向选择”的办法进行体制调整。2002年中心在肿瘤研究所的基础上进行体制改革，成立了实验研究部，开始实行课题负责人制度（Principal Investigator,以下简称PI制度），下设课题组，通过建立以课题组为基本活动单位的课题组织，营造宽松和公平竞争的科研工作环境，充分调动科研人员的积极性。

实验研究部设主任、副主任及办公室，管理研究部日常事务，负责制定和执行实验研究部管理规范、分配实验室、协调工作安排、管理科研档案、组织学术活动、保障后勤等事务。主任负责考核实验研究部行政管理人员、公共服务区工作人员。