黄埔院区总务办公室是总务处下设的科室，在总务处主管、黄埔院区管理办公室协管下具体负责黄埔院区总务日常办公事务。主要职能范围如下： 

• 制定科室年度工作计划，并按时序要求执行；
• 配合总务处各职能科室做好涉及黄埔院区各项经济业务的预算编制、项目申报工作；
• 负责黄埔院区修缮及改造工程项目的立项审批，或对职能科室提出的黄埔院区改造项目参与立项审批；
• 对黄埔院区开业后需进行的改造项目提出立项需求，组织相关科室完成项目前期论证工作，并协助总务处各职能科室做好现场实施监管、参与项目验收工作；
• 协助管理常驻黄埔院区的后勤运营服务单位、工程承包单位，现场处理和协调相关单位在黄埔院区发生的突发情况，并对服务质量提出评价意见；
• 负责管理黄埔院区的安全生产工作，对职能科室提出的动火作业进行审批与监督，组织处理黄埔院区应急抢险和突发事件；
• 协调黄埔院区后勤用房分配、配合空间申请调研与审批；
• 协调总务处在黄埔院区和其他职能部门、临床业务科室之间的工作往来，理顺和协调后勤工作相关的各种问题；负责妥善安排和组织总务处在黄埔院区的各项接待、迎检与投诉处理工作。